以下、上記ページからの転載です。

一定の額の医療費を支払ったときは、確定申告を行うことで所得税及び復興特別所得税が還付される場合があります。

例えば、年間で支払った医療費が50万円(差額ベッドなどは除く)で、健保や保険金などで補填される金額が60万円だとして、上記計算式にそのまま入れると、
　50万円 - 60万円 - 10万円 = -20万円となります。
入院して手術とかすると、健保や保険金などで補填される金額が、医療費より上回る事もあると思います。しかし、このような注意書きがあります。

保険金などで補てんされる金額は、その給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引きますので、引ききれない金額が生じた場合であっても他の医療費から差し引く必要はありません。

これだけの記載なので、差し引く必要が無い医療費の範囲がよくわかりません。

医療費控除を申告する際の方法はざっとこんなパターンがあります。
　①申告書を手書きなどで用意する。
　②ネット経由でスマホで申告する。月ごと医療機関ごとなど一行ずつ入力。
　③ネット経由でPCで申告する。エクセルのフォームに入力し、アップロードする。
もちろんお勧めは③です。
　②、③のネット経由でも、紙に印刷したものを郵送って言うナンセンスな事もできますが、アップロード、入力後そのままネットで提出が素直だと思います。

上記国税庁のHPから、「医療費集計フォーム」(エクセル)をダウンロードします。このHPにパソコンからアクセスすればフォームのダウンロードボタンが表示されます。
下記は説明には不要なセルを非表示にしたものです。

No.3の行で、支払った医療費10万円に対して、補填された金額が30万円だったとします。
この時、30万円補填と入力すると、No.3の行で引ききれない20万円分が、他の行から差っ引かれてしまいます。
他の行で差し引かれないように、実際の金額の30万円ではなく、この行で差引0となるように、10万円と入力すればよいそうです。(西川口税務署の電話で問い合わせ済)

行の集計単位ですが、人単位、月単位、病院単位 (同じ医療機関であっても、医科入院、医科外来、歯科入院、歯科外来にわけて計算)に分けて集計します。(70歳未満の場合)

よって、補填された金額の対象は上記集計単位(=行単位)で完結すれば良い事になります。

つまり、AさんのB病院の医科入院のX月に対して、補填された金額が引ききれなくても、AさんのB病院の医科入院のY月からは差引く必要はありません、

また、外来(=通院)で処方箋を貰って薬局に行った場合、No.1や2の行のように、1つの行に病院外来と薬局を合わせた金額を記載することも可能です。

話がずれますが、ネット経由でPCで申告する際にマイナンバーカード読み取りに必要なICカードリーダーですが、SONY製は4,000円ほどしますが、下記の中華ICカードリーダー850円を今回買いましたが、問題なくWindows10のPCで、マイナンバーカードを読み取れました。耐久性とかは不明ですが、少なくとも1回は問題なく使えました。

スマホは古い機種で無ければ、追加の機器など不要で、スマホで直接マイナンバーカードを読み取れます。
マイナンバーカードに対応したNFCスマートフォン一覧
iPhoneは7以降なら良いようです。